Bilgisayar Mühendisliği Bölümü 1995 yılında başlangıçta Kontrol ve Bilgisayar Mühendisliği olarak açılmış olup 1999 yılında bölümümüzün ismi YÖK tarafından Bilgisayar Mühendisliği Bölümü olarak değiştirilmiştir. Bu bölümde ilk yılı İngilizce hazırlık olmak üzere 5 yıllık bir eğitim-öğretim programı uygulanmaktadır. Bölümümüzde, 1 Profesör, 4 Yardımcı Doçent, 2 Öğretim Görevlisi, 8 Araştırma Görevlisi olmak üzere toplam 15 kadrolu öğretim elemanı bulunmaktadır. Bölümümüz 1995-1996 yılında ilk kez öğrenci almaya başlamıştır. Her yıl bölümümüze 40 yeni öğrenci katılmaktadır.

Bölümümüz bünyesinde İşletim Sistemleri ve Gömülü Sistemler, Test, Bilgisayar,Bilgisayar Ağları,Görüntü İşleme ve Ersem laboratuarları mevcuttur.Mevcut laboratuarlarda, internet ortamında ders izleme, çeşitli bilgisayar programlama dilleri ve donanımı, işletim sistemleri, veri tabanı ve uygulamaları, PLC kontrol sistemleri vb. hakkında eğitim verilmektedir.  Bölümümüz,  Üniversitemiz Sürekli Eğitim Merkezi  (ERSEM) bünyesinde bilgisayar teknolojileri ile ilgili kurslar düzenlemektedir.  Bu sayede Kayseri ilimizinde bilişim bilincine erişilmesine katkıda bulunulmaktadır.
 
Bölümümüzde uygulanmakta olan eğitim-öğretim planları bilim ve teknolojideki mevcut gelişmeleri izleyecek tarzda düzenlenmektedir. Bu doğrultuda öğrencilerimize temel mühendislik bilgilerinin verilmesinin yanı sıra belli konularda uzmanlaşmayı sağlamaya yönelik eğitim imkanı verilmektedir. Bölümümüz, Üniversitemizin ve Fakültemizin Data İletişim Altyapı projelendirilmesinde ve gerçekleştirilmesinde büyük katkıya sahiptir. Bölüm öğretim elemanları üniversitemizdeki bilgisayar ağı ve altyapısıyla ilgili danışmanlığının yanında sanayimize de danışmanlık hizmetleri vermektedir. Bölüm öğretim elemanlarımız, eğitim öğretime katkıları yanında bir çok bilimsel aktivitelere katılıp bildiri sunmuşlardır. Öğretim elemanlarımızın  yayınlanmış bir çok yurt içi ve yurt dışı yayınları (kitap, makale, bildiri) mevcuttur. Üniversite içerisinde ilk defa bölüm öğrencilerimize ait projeler TÜBİTAK tarafından kabul görmüş ve desteklenmiş olup Tübitak Projeleri başarıyla tamamlanmıştır.